Στα τέλη της δεκαετίας του ’90 η Novartis ενεπλάκη σε μια από τις μεγαλύτερες δικαστικές μάχες της ιστορίας απέναντι στην Ινδία για τα δικαιώματα παρασκευής του φαρμάκου Gleevec για τον καρκίνο. Στόχος της εταιρείας ήταν να μπορεί να πουλά το φάρμακο για 2.666 δολάρια το μήνα αντί για 177-266 που κοστολογούνταν τα γενόσημα.
Η εταιρεία θεωρείται σαν ένας από τους βασικούς υπευθύνους για την εκτόξευση (σχεδόν πενταπλασιασμός) των τιμών των φαρμάκων για τον καρκίνο στις ΗΠΑ.
Από την πρώτη δεκαετία του 20ου αιώνα η εταιρεία βρίσκεται σε συνεχή αντιπαράθεση με το αμερικανική υπηρεσία Τροφίμων και Φαρμάκων που την κατηγορεί για παραπλανητικές διαφημίσεις φαρμάκων.
Το καλοκαίρι του 2013 το υπουργείο Υγείας της Ιαπωνίας άσκησε δίωξη εναντίον της εταιρείας όταν έγινε γνωστό ότι υπήρχαν παραποιημένα στατιστικά στοιχεία για την αποτελεσματικότητα του φαρμάκου Valsatran. Ένας υπάλληλος της εταιρείας είχε συμμετάσχει στην ομάδα που παρουσίασε τα συγκεκριμένα στοιχεία χωρίς να αναφέρει την ιδιότητά του.
To 2010 η Novartis έδωσε 422 εκατομμύρια δολάρια σε εξωδικαστικό συμβιβασμό σε μια υπόθεση όπου κατηγορήθηκε για δωροδοκίες με στόχο την προώθηση φαρμακευτικών προϊόντων της.
Από τη υπόθεση επιβαρύνθηκε το αμερικανικό δημόσιο κατά σχεδόν 500 εκατομμύρια δολάρια από την επιχορήγηση των συγκεκριμένων φαρμάκων που προωθούσε η εταιρεία.
