Αθώοι κρίθηκαν τελικά από το Τριμελές Εφετείο Κακουργημάτων τα 138 μέλη της πανεπιστημιακής κοινότητας του Πανεπιστημίου Κρήτης στα οποία είχε καταλογιστεί κακοδιαχείριση κοινοτικών κονδυλίων.
Πρόκειται για τη γνωστή υπόθεση στην οποία είχε εμπλακεί και το όνομα του νυν υπουργού Ανάπτυξης κ. Γιώργου Σταθάκη. Ωστόσο η υπόθεση αφορά ένα από τα χρόνια προβλήματα των ΑΕΙ, καθώς επί σειρά ετών τα πανεπιστήμια λόγω της υποχρηματοδότησής τους χρησιμοποιούσαν τα χρήματα των ειδικών λογαριασμών έρευνας (ΕΛΚΕ) για τις λειτουργικές τους ανάγκες (φως, νερό, καθαριότητα κ.λπ.) και σε πολλές περιπτώσεις παραπέμπονταν στη συνέχεια για κακοδιαχείριση.
Πάντως με νέα διάταξη που ψηφίστηκε στη Βουλή πρόφατα στον νόμο για την έρευνα, οι διοικήσεις των ΑΕΙ θα έχουν δικαίωμα να χρησιμοποιούν μέρος των ΕΛΚΕ για τις λειτουργικές τους ανάγκες (λογαριασμοί, καθαριότητα κ.λπ.).
Στην περίπτωση του Πανεπιστημίου Κρήτης το δικαστήριο έκρινε πως δεν υπήρξε βλάβη για το δημόσιο, οπότε αθώωσε τους κατηγορούμενους.
Στο εδώλιο είχαν καθίσει 138 καθηγητές του Πανεπιστημίου Κρήτης, επιστημονικό και διοικητικό προσωπικό και φοιτητές που μετείχαν στη Σύγκλητο του ιδρύματος. Αντιμετώπιζαν την κατηγορία πως είτε μέσω της Συγκλήτου είτε μέσω της Επιτροπής Έρευνας του Πανεπιστημίου Κρήτης διαχειρίστηκαν ποσά του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας (ΕΛΚΕ), τα οποία σύμφωνα με το κατηγορητήριο τα διέθεσαν παράτυπα σε «αλλότριους σκοπούς», προκαλώντας ζημία στην περιουσία του εκπαιδευτικού ιδρύματος. Το ποσό στο οποίο αναφερόταν η κατηγορία ήταν 120.000 ευρώ.
