Το ζήτημα της κατεδάφισης του λιμενικού περιπτέρου το οποίο εφάπτεται στο τέμενος Κιουτσούκ Χασάν, έχει ταλανίσει επί μακρόν τις αρμόδιες υπηρεσίες του Υπουργείου Πολιτισμού χωρίς να υλοποιηθούν οι δύο γνωμοδοτήσεις του Κεντρικού συμβουλίου νεωτέρων μνημείων περί μη χαρακτηρισμού, ενώ η αρχική απόφαση του 1997 για κατεδάφισή του δεν έχει ανακληθεί ή τροποποιηθεί έως σήμερα. 
Αυτό απαντά ο Υπουργός Πολιτισμού Παύλος Γερουλάνος, στη σχετική ερώτηση του Χανιώτη Βουλευτή του ΠΑΣΟΚ Σήφη Βαλυράκη, υπογραμμίζοντας ότι θα ζητηθεί εκ νέου η αναπομπή του θέματος και η προώθηση του στο Κεντρικό συμβούλιο νεωτέρων μνημείων.
Αναλυτικά ο κ. Γερουλάνος αναφέρει:
«Με Υπουργική Απόφαση το 1997 αποφασίστηκε η κατεδάφιση του Λιμενικού Περιπτέρου Χανίων, το οποίο εφάπτεται του Τεμένους Κιουτσούκ Χασάν, στο Βενετσιάνικο λιμάνι της παλαιάς πόλης των Χανίων, Η απόφαση αυτή δεν υλοποιήθηκε έως σήμερα.
Με έγγραφο το 1999 η κατά τόπον Υπηρεσία του Υπουργείου Πολιτισμού (ΥΝΜΤΕ Κρήτης και τέως 7η Εφορεία Νεωτέρων Μνημείων) πρότεινε το χαρακτηρισμό του Λιμενικού Περιπτέρου ως «ιστορικού διατηρητέου μνημείου» και «έργου τέχνης».
Το Κεντρικό Συμβούλιο Νεωτέρων Μνημείων γνωμοδότησε κατά πλειοψηφία υπέρ του μη χαρακτηρισμού. Η γνωμοδότηση αυτή δεν υλοποιήθηκε καθόσον ο τότε Υπουργός Πολιτισμού ανέπεμψε το θέμα στο Συμβούλιο,
Το 2001 το Κεντρικό Συμβούλιο Νεωτέρων Μνημείων γνωμοδότησε εκ νέου κατά πλειοψηφία υπέρ του μη χαρακτηρισμού ως μνημείου του κτιρίου του Τουριστικού Περιπτέρου Χανίων, έργο του αρχιτέκτονα Πάτροκλου Καραντινού διότι «…δεν πληροί τους όρους των Νόμων».
Η ανωτέρω γνωμοδότηση επίσης δεν οδήγησε στην έκδοση της σχετικής Υπουργικής Απόφασης διότι στο μεταξύ το 2002 ψηφίστηκε και τέθηκε εν ισχύ ο νέος αρχαιολογικός Νόμος. Η Υπηρεσία Νεωτέρων Μνημείων και Τεχνών Έργων Κρήτης με έγγραφο το 2004 ζήτησε την επανεξέταση του θέματος από το Κεντρικό Συμβούλιο Νεωτέρων Μνημείων στο πλαίσιο της νέας νομοθεσίας.
Η ΔΙΝΕΣΑΚ σε σχετικό ενημερωτικό σημείωμα το 2004 εξέφρασε την επιφύλαξη της για μία εκ νέου κρίση λαμβάνοντας υπόψη αφενός ότι το θέμα έχει εξεταστεί ήδη δύο φορές από το αρμόδιο συμβούλιο και αφετέρου την Υπουργική Απόφαση του1997 για κατεδάφιση.
Το 2005 ο τότε Υπουργός Πολιτισμού παρέπεμψε το θέμα εκ νέου στο Κεντρικό Συμβούλιο Νεωτέρων Μνημείων για νέα κρίση. Το θέμα εισήχθη στη συνεδρίαση τον ίδιο χρόνο οπότε και το Συμβούλιο ομοφώνως ανέβαλε τη γνωμοδότηση επί του θέματος «…κατόπιν αιτήσεως του Λιμενικού Ταμείου Νομού Χανίων».
Το 2008 η ΔΙΝΕΣΑΚ διαπιστώνοντας ότι έχουν παρέλθει οι προθεσμίες που όριζε νόμος του 2002, συνέταξε εκ νέου αναπεμπτικό έγγραφο προς την Ιεραρχία του Υπουργείου, προκειμένου το θέμα να εξεταστεί από το ειδικό όργανο, διότι το κτίριο βρίσκεται εντός των τειχών της πόλης των Χανίων που έχουν χαρακτηριστεί με την Υπουργική Απόφαση του 1965 και υπάρχει συναρμοδιότητα με την 13″ Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων. Και σε αυτή την περίπτωση η διαδικασία δεν ολοκληρώθηκε καθόσον το σχετικό αναπεμπτικό έγγραφο δεν υπεγράφη από τον κατά την περίοδο εκείνη, Υπουργό Πολιτισμού.»
